Gastrointestinal Patojen Testi, enfeksiyöz gastroenteritin büyük bir çoğunluğundan sorumlu olan 22 bakteri, viral ve paraziter patojeni aynı anda tespit etmek ve tanımlamak için yeni bir multipleks moleküler tanı testidir. Biofire Diagnostics'in FilmArray® sistemi, sendromlu bulaşıcı hastalıkların moleküler teşhisi için yeni standarttır ve FDA tarafından kabul edilen en kapsamlı gastrointestinal patojen testidir.
Gastroenterit veya mide ve bağırsak iltihabı, Amerika Birleşik Devletleri'nde yılda 179 milyondan fazla insanı etkilemektedir. Çoğu vakaya genellikle gıda kaynaklı bulaşıcı patojenler neden olur; bunlar arasında genellikle diyare, karın krampları ve / veya rahatsızlık, bulantı, kusma, ateş ve / veya feçeste kan görülmesi gibi semptomlar bulunur. Asemptomatik taşıyıcılar da enfeksiyonu yayabilir. Moleküler bir yaklaşım ve geniş bir test menüsü kullanarak, FilmArray® tek bir basit tanı testi ile enfeksiyöz ajanları daha iyi tespit edebilir ve tanımlayabilir.
Enfeksiyöz ajanın hızlı bir şekilde tanımlanması, uygun antimikrobiyal tedavinin (ve bazen izolasyon ölçümlerinin) zamanında uygulanması için kritik öneme sahiptir. Organizmaya özgü teşhis ayrıca, antibiyotik ve / veya prosedürlerin gereksiz (ve hatta zararlı) kullanımını azaltmaya da yardımcı olabilir.
Çoğu klinik laboratuar, her biri sınırlamalara sahip olan patojenleri (örn., Kültür, mikroskopi ve bağışıklık tahlili) tanımlamak için geleneksel yöntemler kullanır. Örneğin, parazitlerin mikroskobik tespiti teknik beceriye bağlıdır ve immünoassay / kültür duyarlılığı sonuçları, organizmaların aralıklı olarak dökülmesinden dolayı (yanlış negatiflere yol açan ve çoklu numunelerin değerlendirilmesini gerektirdiğinden) tutarsız olabilir. Kültür metotları uzun bir dönüş süresine sahiptir ve laboratuara numune nakli sırasında eşit olmayan canlılık/ büyüme gibi durumlara karşı hassastır ve bu da yanlış tanılara ve tedaviye yol açabilir. Ayrıca İmmün testler sıklıkla zayıf antikor özgüllüğünden etkilenir.
Yeni moleküler yöntemler, tek bir dışkı örneğinde virüslerin, bakterilerin ve parazitlerin daha iyi tespit edilmesini ve daha diagnostik olarak etkili sonuçlar elde edilmesini sağlar. Gastrointestinal Pathojen Testinde multipleks teknolojinin sağladığı gelişmiş performans ve verimlilik ile sadece daha hızlı, daha doğru sonuçlar elde etmek değil ancak aynı zamanda bulaşıcı ishalin en sık görülen nedenlerinden 22'sini test etmek de mümkündür. Önemli olan, şüphelenilen patojenleri tanımlama ve “doğru negatiflerin” saptanmasında güvenilir bir yöntem olması klinik yönetim için çok önemlidir.
Klinik yarar ve endikasyonlar
Parazitler
Cryptosporidium: Cryptosporidia genellikle sulu ishal, mide krampları, mide bulantısı ve kusma ile ilişkili gastrointestinal hastalığından sorumlu protozoanlardır. Genellikle kontamine su ile sindirim sistemine girerler ve kolayca klor ile öldürülemezler, ABD'de rekreasyonel su kaynaklı hastalıkların en yaygın nedenidir. Spesifik antidiareyik seçenekler (örn., Nitazoksanit) mevcuttur ve bağışıklık sistemleri iyi olanlar genellikle 1-4 hafta içinde tedavi olmaksızın iyileşebilirler.
Siklospora cayetanensis: Bu parazitik protozoa gözle görülemeyen ookistlerini dışkı yolu ile yayar. Olgunlaşma döneminden (günler ila haftalar) sonra, ookistler bulaşıcı hale gelir ve kontamine yiyecek veya su yoluyla alındığında hastalığa neden olabilir. ABD'de, enfeksiyonlar genellikle, endemik bölgelerden dönen insanlarda ya da başka ülkelerden kontamine gıdaların tüketilmesinden sonra oluşan “gezgin ishali” ile ilişkilidir. Hastalık, birkaç ay boyunca sürebilen kansız diyare şeklinde seyreder.
Entamoeba histolytica: Entamoeba enfeksiyonu ABD'de yaygındır (özellikle tropik bölgelerde veya kötü sanitasyonla yaşayan gezginlerde), ancak hastaların sadece% 10-20'sinde semptomlar belirgindir. E. histolytica enfeksiyonu dizanteri (yani, mukus ve kanlı diyare) olmaksızın veya dizanteri şeklinde diyare ile görülebilir. Etkili tedaviler arasında metronidazol veya tinidazol, ardından paromomisin, diloksanit furoat veya iyodokinol bulunur.
Giardia lamblia: ABD'de en yaygın bağırsak paraziti (genel prevalans% 1-7) olan giardia bağırsak mukozasına yapışabilir veya istila edebilir, karın krampları, kusma ve genel halsizlik ile birlikte ishale neden olur. Genellikle enfekte olmuş su veya günlük bakım tesislerinden bulaşır ve oluşan enfeksiyon kronikleşebilir ve malabsorbsiyon sendromuna neden olabilir. Etkili tedaviler arasında nitroimidazol türevleri (örn., metronidazol) ve paromomisin, kinakrin ve furazolidon gibi daha yeni alternatifler bulunur. Giardia enfeksiyonu, enfeksiyondan yıllar sonra bile, irritabl bağırsak sendromu ve kronik yorgunluk riskini üç katına çıkarabilir.
Bakteriler
Campylobacter spp. (C. jejuni, C. coli, C. lari): Bu gram-negatif bakteri bağırsak mukozasını istila eder ve ABD'de ikinci en yaygın bakteriyel enfeksiyondur. Genellikle kontamine su veya gıda alımı yoluyla bulaşır (özellikle az pişmiş Kümes hayvanları, Campylobacter türleri, gıda kontaminasyonu nedeniyle hastanede yatışların %15'inden sorumludur. Semptomlar ateş, kusma ve baş ağrılarını, ardından 3-7 gün boyunca karın ağrısı olan sulu veya kanlı ishali içerir. Campylobacter enfeksiyonu, inflamatuar barsak hastalığı gelişmesine ve Guillain Barré sendromunyla ilişkili bulunmuştur.
Clostridium difficile (Toksin A / B): C. difficile, ishale neden olan toksinleri (enterotoksin A ve sitotoksin B) üreten gram-pozitif anaerobik bir bakteridir. C. difficile, nozokomiyal (hastanede edinilen) enfeksiyöz diyare ve antibiyotik ilişkili kolit enfeksiyonun en yaygın nedenidir. Ateş ve diyare semptomları hafif ila şiddetli ve hatta toksik megakolon arasında değişebilir. Çoğu durumda, geniş -spektrum antibiyotikler ve antidiare ilaçlardan kaçınılmalıdır. Tedavi için güncel kılavuzlara bakılması önerilir.
Escherichia coli: Patojenik E. coli dünya çapında ishal hastalığının önemli bir nedenidir ve neden oldukları hastalıkların klinik belirtileri, ilerlemesi ve şiddetine göre farklılık gösterir. Bu farklılıkların bazıları, genleri bu patojenleri saptamak ve farklılaştırmak için moleküler analizlerle hedeflenebilen spesifik virülans faktörlerinden (örneğin, toksinler) kaynaklanmaktadır.
Enteroaggregatif E. coli (EAEC): Kültürlenmiş hücreler üzerindeki agregatif yapışma modeli ile tanımlanan EAEC, genel olarak fekal-oral yolla kontamine yiyecek ve su yoluyla bulaşır. EAEC enfeksiyonları asemptomatik olabilir, ancak sıklıkla düşük dereceli ateş, kusma ve karın ağrısı ile birlikte sulu, bazen de kanlı dışkı ile karakterize inflamatuvar bir ishale neden olur. EAEC, ABD'de ishal hastalığının en yaygın nedenlerinden biri ve gezgin ishalinin ikinci en yaygın nedenlerinden biri olarak kabul edilmektedir.
Enteropatojenik E. coli (EPEC): Dünyada, EPEC sıkılığının genel toplumda% 8.8, ayaktan tedavi görenlerde% 9.1 ve yatarak tedavi görenlerde % 15.6 olduğu tahmin edilmektedir. Tipik EPEC'in neden olduğu hastalık akut ishal ile ilişkilidir, atipik EPEC, uzamış, kanamasız ishal ve ateşli kusmaya neden olur. EPEC taşıyıcıları asemptomatik olabilirler.
Enterotoksijenik E. coli (ETEC): Yolcuların ishalinin önde gelen nedenidir, bu bakteriyel suşlar tipik olarak kontamine yiyecek veya su ile bulaşır. ETEC, bağırsak epitelyal hücrelerine bağlanan hem ısıya dayanıksız (lt) hem de ısıya dayanıklı (st) toksinler üreterek, sulu ishale neden olan elektrolit kaybını tetikler. Çoğu durumda, semptomlar belirli bir tedavi gerektirmeden birkaç gün içinde çözülür.
Shiga-toksin üreten E. coli (STEC) stx 1 / stx2: İki ana Shiga benzeri toksin tipi vardır, Shiga benzeri toksin 1 (stx1) ve 2 (stx2). STEC, önemli gıda veya su kaynaklı patojenler ve kanlı ishalin başlıca nedenidir; özellikle çok genç ve çok yaşlılarda, hemolitik üremik sendrom (HÜS; böbrek yetmezliğine yol açan kırmızı kan hücrelerinin tahrip olması) olarak adlandırılan potansiyel olarak ölümcül bir duruma yol açabilir.
Escherichia coli O157: STEC'in bir alt grubu O157 antijenini içerir. ABD'de her yıl 170.000'den fazla STEC enfeksiyonundan, tahmini 73.000 hastalık ve 60 ölüm, E. coli O157 ' ye bağlı olarak meydana gelir. Kontamine yiyecek veya su tüketimi yoluyla bulaşan hastalık, hafif, kansız ishal ile hemorajik kolit ve HÜS arasında semptomlar verebilir. Semptomlar genellikle 5-10 gün içinde düzelir.
Shigella / Enteroinvazif E. coli (EIEC): Shigella bakteriyel enfeksiyonları (S. boydii, S. sonnei, S. flexneri, S. dysenteriae) tüm ishal ataklarının% 5-20'sini oluşturur ve her yaşta ortaya çıkabilmekle beraber en çok 5 yaşından küçük çocuklarda görülür. Shigella, tipik olarak kişiden kişiye temas ya da kontamine yiyecek ya da suyun yutulması yoluyla transfer edilir. Şigelloz sıklıkla ateş, sulu ishal ve karın krampları ile başlar ve dışkıda kan oluşabilir. Genelde kendi kendini sınırlayan ancak bağışıklık sistemi baskılanmış kişilerde yaşamı tehdit eden bir hastalıktır. Çinko desteği, diyare süresini azaltabilir ve iyileşme sırasında kilo alımını artırabilir. ABD'de nadir olmakla birlikte, EIEC suşları bakterilere kolonu istila etmesine yardımcı olan virülans faktörleri üretir ve Shigella'nın neden olduğu ile benzer olan sulu bir diyare sendromu üretir.
Plesiomonas shigelloides: Bu gram-negatif bakteriler, hem doğal hem de evcil hayvanlar gibi tatlı su ve birçok hayvan da dahil olmak üzere çok çeşitli çevresel kaynaklardan izole edilir. P. shigelloides gastroenteriti genellikle deniz ürünlerinin tüketimini, ayrıca kontamine suların içilmesi veya pişirlmeden yenen gıdaların bu sular ile temas etmesi nedeniyle oluşur. Semptomlar genellikle sulu ishali şeklide başlar ve enfeksiyonlar (2 haftadan fazla süre) uzayabilir ancak genellikle kendi kendini sınırlandırır. ABD'de rapor edilen çoğu vakada, önceden var olan sağlık problemleri olan bireylerde daha ciddi hastalık sonuçlarına yol açtığı yönündedir.
Salmonella: Salmonella gram negatif anaerobik bir bakteri olup , ABD'de diğer patojenlerden daha fazla gıda kaynaklı enfeksiyondan sorumludur. Bu enfeksiyon genellikle az pişmiş kümes hayvanlarının veya yumurtaların yenilmesiyle oluşur.
Vibrio spp. (V. parahaemolyticus / V. Vulnificus / V. Cholerae): Vibriolar, tipik olarak deniz ortamlarında bulunan gram-negatif bakterilerdir. Çeşitli türler insanlarda hem ekstraintestinal (yumuşak doku enfeksiyonu, septisemi, göz ve kulak enfeksiyonları) hem de bağırsakta hastalığa neden olabilir. Gastrointestinal hastalık genellikle kontamine yiyecekler yemek ile ilişkilidir. V. choleraeis, kolera toksininin (CTX) aracılık ettiği ciddi hastalığı olan koleraya neden olan tek vibrio türüdür. ABD'de, denizaşırı ülkelerden dönen gezginlerde kolera meydana gelebilir.
Vibrio cholerae kolera toksin geni (ctx): Vibrio cholera, dünyanın birçok yerinde ishalin yaygın bir nedenidir ancak ABD'de sadece sporadik olarak bulunur. Sıklıkla çiğ veya az pişmiş kabuklu deniz hayvanlarının tüketimi ile ilişkilidir.
Yersinia enterocolitica: Bu gram-negatif basiller, kontamine yiyecek veya suyun, genellikle az pişmiş çiğ etlerin (özellikle domuz eti) yutulması yoluyla bulaşır ve ABD'de yılda 100.000 gıda kaynaklı hastalığa neden olduğu tahmin edilmektedir. Hastalığın şiddeti, kendi kendini sınırlayan gastroenterit ile terminal ileitis ve mezenterik lenfadenite arasında değişir. Hastalık belirtileri apandisit taklit edebilir ve gereksiz cerrahi yol açabilir, bu nedenle dışkı örneklerinde bu organizmanın doğru tanımlanması önemlidir.
Virüsler
Virüsler, ABD'de gastroenteritin en yaygın nedenidir. İnce bağırsağın mukozasındaki enterositleri enfekte ederek, bağırsak lümenine sıvı ve tuzlar çekerler ve sulu ishali oluşmasına yol açarlar.
Adenovirüs F40 / 41: Adenovirüs (özellikle tip 40 ve 41), akut gastroenteritin sık bir nedeni olarak sanayileşmiş ülkelerde tahmini enfeksiyon prevalansı% 1-8 arasındadır. Belirtiler bazen kusma ve ateş ile birlikte tipik olarak 1-2 hafta süren sulu ishali içerir. Adenoviral enfeksiyonlar yıl boyunca ortaya çıkabilir ve özellikle yaşlılarda ve 2 yaşın altındaki çocuklarda yaygındır.
Astrovirüs: Karakteristik yıldız benzeri yapıları nedeniyle adlandırılan astrovirüsler hem çocuklarda hem de yetişkinlerde gastroenterit sebebidirler. Enfeksiyon fekal-oral yol ile bulaşır ve çocuklar, immün yetmezliği olan erişkinler, hasta çocukların bakıcıları ve bakımevlerinde yaşayanlar risk altındaki popülasyonlar arasındadır. Semptomların diğer enterik virüslerden daha hafif olduğu bildirilmiştir ve ishal, kusma, karın ağrısı ve 72 saat süren ateşi içerir.
Norovirüs GI / GII: Norovirüs, tüm yaş gruplarında akut gastroenteritin önde gelen nedenidir, ancak çoğunlukla büyük çocuk ve yetişkinleri etkilemektedir. Çok bulaşıcıdır ve yıl boyu görülebilir, ancak % 80 oranında Kasım ile Nisan ayları arasında görülür. Genellikle kendi kendini sınırlayan nadiren şiddetli semptomlarla seyreden bir seyri vardır.
Rotavirüs A: Dünyadaki küçük çocuklarda ağır, yaşamı tehdit eden diyare enfeksiyonlarının en sık görülen sebebi Rotavirüs'dür (tepe insidansı, 3-15 ay). Erişkinlerde semptomlar genellikle hafif olmasına rağmen, oldukça bulaşıcıdır. Kışın daha sız gözlenmekle birlikte ABD'deki morbiditesi, aşılama programları ile azaltılmıştır.
Sapovirüs (Genogruplar I, II, IV ve V): Sapovirüs hastalığının gidişatı olarak Norovirüs'e benzer, çoğunlukla çocuklarda hastalığa neden olur. Norovirüs gibi, Sapovirüs fekal-oral yoldan yayılır ve enfeksiyonlar kış aylarında daha çok gözlenir . Semptomlar öncelikle 5–10 gün süren bulantı ve ateşle birlikte kusma ve ishali içerir. Genel olarak, hastalık, destekleyici bakımdan oluşan bir tedaviyle kendi kendini sınırlar.